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Arrêt maladie avant le congé maternité : quelle perte de salaire réellement ?

Audrey
Audrey
octobre 18, 2026 7 min Mis a jour le octobre 28, 2026
femme enceinte assise consulte documents salaire bureau

Un arrêt maladie qui précède le congé maternité inquiète beaucoup de futures mères, notamment sur le plan financier, d’autant que la nouvelle loi sur l’arrêt maladie des fonctionnaires en 2025 change les règles d’indemnisation. La question revient souvent : cet arrêt va-t-il diminuer le montant des indemnités journalières versées ensuite par la Sécurité sociale ? La réponse dépend surtout du type d’arrêt concerné et de la période sur laquelle est calculé le salaire de référence.

Y a-t-il une perte de salaire si vous êtes en arrêt maladie avant le congé maternité ?

Oui, un arrêt maladie classique pris avant le congé maternité peut entraîner une perte de salaire, mais l’ampleur de cette perte varie fortement selon les cas. Concrètement, deux éléments jouent : le niveau d’indemnisation de l’arrêt maladie lui-même (souvent inférieur au maintien de salaire habituel) et son influence éventuelle sur le calcul des indemnités journalières de maternité qui suivront.

Calculateur d’impact : arrêt maladie avant congé maternité

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Résultats de votre simulation
Indemnités journalières pendant l’arrêt –
Perte de revenu pendant l’arrêt –
Impact sur vos indemnités journalières de maternité
Avec arrêt maladie
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Sans arrêt maladie
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Perte mensuelle estimée sur le congé maternité –
Perte totale estimée (arrêt + congé maternité) –

Si l’employeur applique un maintien de salaire intégral pendant l’arrêt maladie, la perte reste minime, voire nulle. En revanche, sans complément employeur, l’assurance maladie ne verse que des indemnités journalières plafonnées, généralement autour de 50 % du salaire journalier de base, ce qui représente un manque à gagner réel pendant toute la durée de l’arrêt de travail.

Le second impact, plus discret mais tout aussi important, concerne le salaire de référence retenu pour calculer les indemnités du congé maternité. Si l’arrêt maladie tombe pendant la période de référence prise en compte par la caisse, il peut faire baisser artificiellement la moyenne de salaire et donc réduire le montant des IJSS de maternité.

Comment sont calculées les indemnités journalières du congé maternité après un arrêt maladie ?

Période de référence et salaire de base

Pour déterminer le montant des indemnités journalières de congé maternité, l’assurance maladie se base sur les trois derniers mois de salaire brut précédant l’arrêt de travail (ou les douze derniers mois pour les salariés rémunérés de façon non mensuelle). Cette période de référence sert à calculer un salaire journalier moyen, ensuite plafonné au plafond de la Sécurité sociale.

Le montant des IJSS de maternité correspond généralement à ce salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond fixé chaque année. Plus le salaire perçu pendant la période de référence est élevé, plus l’indemnisation sera avantageuse.

Impact d’un arrêt maladie sur le calcul

C’est là que la question de la perte de salaire prend tout son sens. Si un arrêt maladie a réduit le salaire perçu pendant les trois mois de référence, le salaire journalier moyen calculé pour le congé maternité peut être mécaniquement plus bas, sauf si l’employeur a maintenu le salaire pendant cet arrêt. Ameli applique en principe une reconstitution du salaire en cas d’arrêt maladie inclus dans la période de référence, mais cette règle n’est pas toujours automatique et mérite d’être vérifiée avec la caisse.

Exemple chiffré : avant/après un arrêt maladie

Une salariée gagnant 2 400 € brut mensuels, sans arrêt maladie sur la période de référence, obtient un salaire journalier de base d’environ 78 €. Si elle a été en arrêt maladie un mois avant son congé maternité et que son salaire n’a pas été reconstitué, ce salaire journalier peut chuter à 60 € voire moins, réduisant d’autant ses indemnités journalières de maternité sur toute la durée du congé.

Arrêt maladie classique ou congé pathologique prénatal : quelle différence ?

Femme enceinte consultant dossier médical avec stethoscope visible

Il existe une distinction essentielle entre un arrêt maladie ordinaire et le congé pathologique prénatal. Ce dernier est prescrit spécifiquement en raison de complications liées à la grossesse (grossesse pathologique), et peut durer jusqu’à 14 jours calendaires avant le début du congé maternité.

Contrairement à un arrêt maladie classique, le congé pathologique est indemnisé selon les règles du congé maternité, ce qui signifie une prise en charge généralement plus favorable et sans délai de carence. Il ne prolonge pas le congé maternité à proprement parler, mais s’y ajoute en amont tout en bénéficiant d’un régime d’indemnisation proche de celui des prestations maternité.

Un arrêt maladie classique, à l’inverse, obéit aux règles ordinaires de l’assurance maladie : délai de carence de trois jours, indemnisation à hauteur d’environ 50 % du salaire journalier de base, et un impact potentiel sur le calcul ultérieur des indemnités de maternité si la période de référence est concernée. Faire la distinction entre ces deux régimes est donc déterminant pour anticiper l’indemnisation réelle.

Critère Arrêt maladie classique Congé pathologique prénatal
Durée maximale Variable selon avis médical 14 jours calendaires
Délai de carence 3 jours Aucun
Niveau d’indemnisation Environ 50 % du salaire de base Proche du régime maternité
Impact sur le calcul futur Possible si non reconstitué Généralement neutre

Démarches à effectuer et conseils pour limiter les pertes

Face à un arrêt maladie qui précède le congé maternité, plusieurs réflexes permettent de limiter la perte de salaire. Il convient d’abord de vérifier auprès de l’employeur si un maintien de salaire est prévu par la convention collective ou par un accord d’entreprise, ce qui compense en partie le manque à gagner sur les indemnités journalières versées par l’assurance maladie.

Il est également recommandé de contacter sa caisse primaire pour demander une vérification du calcul du salaire de référence, en particulier si l’arrêt maladie a impacté la période des trois mois précédant le congé maternité. Une reconstitution du salaire peut être demandée dans certains cas, ce qui rétablit un montant d’indemnisation plus fidèle au salaire habituel.

Enfin, distinguer précisément la nature de l’arrêt (maladie classique ou pathologie liée à la grossesse) auprès du médecin prescripteur peut faire une différence notable sur le niveau d’indemnisation. Un arrêt correctement qualifié en congé pathologique prénatal, lorsque la situation médicale le justifie, ouvre droit à une prise en charge plus proche de celle du congé maternité, sans délai de carence ni perte importante sur les indemnités journalières.

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Audrey

Directeur de rédaction
Observatrice des marchés financiers et des transformations entrepreneuriales européennes, elle analyse les stratégies de croissance et les ruptures réglementaires. Ses enquêtes combinent décryptage chiffré et enquête de terrain.

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