Depuis le 1er mars 2025, les fonctionnaires en congé de maladie ordinaire voient leur indemnisation reculer de 100% à 90% du traitement pendant les trois premiers mois, une réforme qui s’ajoute à d’autres changements affectant le versement du salaire dans la fonction publique hospitalière en 2025. Cette réforme, inscrite dans la loi de finances, inquiète particulièrement les agents concernés par une affection de longue durée, qui se demandent si leur situation est aussi touchée. La réponse tient en quelques lignes, mais elle mérite d’être détaillée pour éviter toute confusion entre les différents régimes de congé.
Nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire 2025 : ce qui change concrètement
La réforme de l’arrêt maladie dans la fonction publique découle de l’article 189 de la loi de finances pour 2025. Elle modifie uniquement le régime du congé de maladie ordinaire, celui que prennent la majorité des agents publics pour une grippe, une opération bénigne ou un problème de santé passager. Le texte ne touche pas aux congés de longue maladie ni aux congés de longue durée, qui obéissent à des règles distinctes depuis longtemps.
Baisse de l’indemnisation : de 100% à 90% du traitement
Concrètement, un fonctionnaire titulaire ou stagiaire placé en congé de maladie ordinaire perçoit désormais 90% de son traitement indiciaire brut pendant les trois premiers mois d’arrêt, contre 100% auparavant. La période suivante, soit les neuf mois restants sur les douze mois glissants, continue d’être rémunérée à 50% du traitement, sans aucun changement. Le jour de carence reste également applicable : le premier jour d’arrêt n’est pas payé, sauf exceptions prévues par les textes.
| Période | Avant le 1er mars 2025 | Depuis le 1er mars 2025 |
|---|---|---|
| 3 premiers mois | 100% du traitement | 90% du traitement |
| 9 mois suivants | 50% du traitement | 50% du traitement (inchangé) |
Date d’entrée en vigueur et calendrier
La baisse s’applique aux congés de maladie ordinaire accordés à partir du 1er mars 2025. Il n’y a pas d’effet rétroactif : les arrêts débutés avant cette date restent indemnisés selon les anciennes règles jusqu’à leur terme. Pour les nouveaux arrêts, la règle des 90% s’applique dès le premier jour de la période de trois mois, sans condition d’ancienneté particulière au-delà de celles déjà en vigueur pour ouvrir droit au congé de maladie ordinaire.
Ce que dit précisément le texte
La réforme vise exclusivement le CMO. Les congés de longue maladie (CLM), les congés de longue durée (CLD) et les arrêts liés à un accident de service ou une maladie professionnelle restent indemnisés selon leurs barèmes habituels, sans la baisse de 10 points appliquée au congé de maladie ordinaire.
ALD et arrêts maladie : quelles exceptions pour les fonctionnaires ?
C’est le point qui suscite le plus de questions chez les agents publics souffrant d’une affection de longue durée. La bonne nouvelle, c’est que l’ALD n’est pas concernée par la baisse à 90% dès lors qu’elle donne lieu à un congé de longue maladie ou un congé de longue durée. Ces deux dispositifs, propres à la fonction publique, conservent leurs règles antérieures : plein traitement pendant un an, puis demi-traitement pendant deux ans pour le CLM, avec des durées différentes et plus favorables pour le CLD lorsque la pathologie figure sur la liste réglementaire.
En revanche, si un agent reconnu en ALD par la Sécurité sociale prend un simple congé de maladie ordinaire pour un motif sans lien avec son affection, ou avant que le CLM ou le CLD ne soit formellement accordé, il subit bien la baisse à 90% comme tout autre agent. La distinction se joue donc sur la nature administrative du congé, et non sur le seul statut d’ALD au sens de l’assurance maladie classique. Il est donc recommandé aux agents concernés de faire reconnaître rapidement leur CLM ou CLD auprès de leur administration pour sécuriser leur rémunération.
Qui est concerné par la réforme dans la fonction publique ?
La mesure s’applique à l’ensemble des trois versants : fonction publique d’État, territoriale et hospitalière. Sont visés les fonctionnaires titulaires, les stagiaires, mais aussi les agents contractuels de droit public selon les modalités précisées par les décrets d’application. Les modalités de calcul de l’indemnisation pour les contractuels restent toutefois articulées avec le régime des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale, ce qui peut créer des situations différentes selon l’ancienneté et le type de contrat.
Les agents en période d’essai ou disposant de moins de six mois de service n’ouvrent pas toujours droit à ce maintien de rémunération dans les mêmes conditions, il convient de vérifier son cas auprès du service des ressources humaines. Les fonctionnaires à temps partiel voient leur indemnisation calculée proportionnellement à leur quotité de travail, la baisse de 10 points s’appliquant de la même façon sur la base de leur traitement réduit.
Pourquoi cette réforme ? Contexte et enjeux budgétaires
Le gouvernement justifie cette réforme par l’augmentation continue des dépenses liées aux arrêts maladie dans le secteur public. Les rapports parlementaires évoquent une hausse sensible du nombre de jours d’absence pour raison de santé chez les agents publics au cours des dernières années, avec un coût budgétaire jugé difficilement soutenable en l’état. L’objectif affiché est de rapprocher partiellement le régime des fonctionnaires de celui du secteur privé, où les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale ne couvrent pas non plus 100% du salaire sans complément de l’employeur.
Cette comparaison reste néanmoins contestée par les organisations syndicales, qui rappellent que les mécanismes de calcul et les plafonds diffèrent sensiblement entre secteur public et secteur privé. Une organisation professionnelle a par ailleurs estimé qu’un agent de catégorie C pourrait perdre plusieurs dizaines d’euros par mois d’arrêt à cause de cette seule mesure, ce qui alimente les critiques sur l’équité de la réforme pour les agents les moins rémunérés.
Autres changements à venir : nouveau formulaire et mesures 2026
Un nouveau formulaire d’arrêt de travail est entré en vigueur en septembre 2025, avec des mentions renforcées destinées à limiter la fraude et à mieux distinguer les motifs d’arrêt. Ce document s’applique à tous les assurés, fonctionnaires compris, et doit être transmis dans les délais habituels à l’administration employeur ainsi qu’à la caisse de Sécurité sociale lorsque cela est requis.
D’autres pistes évoquées pour 2026, comme l’instauration d’un jour de carence supplémentaire ou un plafonnement plus strict de la durée des congés de maladie ordinaire, ont pour l’instant été écartées ou renvoyées à des discussions ultérieures. Rien n’indique à ce stade qu’elles seront intégrées au prochain projet de loi de finances, mais la vigilance reste de mise pour les agents publics comme pour les employeurs des trois versants de la fonction publique.